Harkkorakenteisten talojen ikkunamitoissa tulee ottaa huomioon tarvittava asennusvara (noin 15 mm) ja riittävä tila tiivistykselle. Erityisesti matalaenergiarakentamisessa ikkunoiden kiinnitys seinärakenteeseen tulee suunnitella huolella, ettei rakenteeseen syntyisi lämpöhukkaa aiheuttavia kylmäsiltoja.
Yleensä ikkunat asennetaan siten, että eristeharkkoseinän lämmöneristeeseen jyrsitään ura ja uraan kiinnitetään polyuretaanivaahdolla puinen painekyllästetty 50×100 mm apukarmi. Apukarmin takana on muurauksen tai ladonnan yhteydessä asennettu sidelangat, jotka siirtävät ikkunasta tulevat kuormat runkorakenteeseen. Ikkunakarmi kiinnitetään puiseen apukarmiin karmiruuveilla. Karmi sovitetaan paikoilleen kiilaamalla ja karmin suoruus tarkistetaan vesivaa’alla ja ristimittauksella.
Karmin ja eristeen välinen rako tiivistetään polyuretaanivaahdolla ja/tai eristysvillalla ikkuna- ja ovivalmistajan ohjeita noudattaen. Koska polyuretaanivaahto laajenee voimakkaasti, on ikkunan karmit tuettava tukipuilla vaahdotuksen yhteydessä. Saumavaahtoa pursotetaan saumaan vain tarvittava määrä. Kun saumavaahto on kuivunut, ylipursunut vaahto leikataan pois.
Rakennusaikana sadevesien pääsy harkkorakenteen sisään tulee estää. Tämän vuoksi ikkuna-aukot suojataan. Jos harkkoja joudutaan ”rälläköimään” ikkunoiden läheisyydessä, tulee ikkunankarmit ja lasit suojata kipinäsuihkulta. Ikkunalasit vaurioituvat kipinöistä erittäin herkästi. Ikkunoiden karmit ja lasit pestään heti leikkauksen jälkeen, jotta harkosta irronnut emäksinen pöly ei vaurioita karmeja tai laseja.
Kun ikkuna asennetaan eristeen kohdalle, on harkkotalon sisäpuolinen ikkunasyvennys yleensä 50-100 mm. Nämä ikkunasmyygit voidaan tasoittaa sekä tasoitteen ja ikkunakarmin välinen rako peittää listalla. Tasoite voidaan myös kasvattaa karmiin asti, jolloin erillistä listaa ei tarvita. Tasoitteen ja karmin väliin laitetaan yleensä elastinen massa, jolla estetään rakojen syntymistä lämpötilan vaihteluista.
Puuikkunoiden asennuksessa on varmistettava, että asennuksen aikana ja sen jälkeen rakennuksen sisällä kosteus ei nouse liian korkeaksi ja aiheuta ikkunan puitteissa ja karmeissa haitallisia muodonmuutoksia tai kosteusvaurioita.